第四话 雨、逃出之后
在与使徒的第二次战斗中，真治第一次凭借自己的意志取得了胜利，但是他对此却没有感到任何感动和高兴。只是出于义务而战斗的真治，因为无法从战斗中找出意义的所在，而将自己封闭到了自己的世界中。然后，真治甚至从美莉那里离家出走。完全不知道自己已经拥有了为自己担心的朋友的真治漫无目的的迷失了方向。第二天的黄昏，真治偶然遇到了在野外玩军事游戏的剑介。两人交谈着度过了一夜，次日清晨，真治被NERV谍报部人员带回了NERV。美莉了解到真治丝毫没有兴趣驾驶EVA后，通知他离开NERV回到原来的地方去。真治错过了电车，抬起头，他看见了车站外的美莉...

第六话 决战！第三新东京市
真治很幸运的没有受到生命危险。但是，第五使徒雷米尔开始向NERV总部发动进攻。美莉分析了它的特点，提议用“一点击破”法进行攻击。零驾驶零号机从战自研拿来了阳电子炮改，因该枪需要大量电力，全日本大停电，把所有发电站的电力集中到了这把枪上。

集结了全日本电力，真治和零能否击败试图呢？

第七话 人造的东西
研究对付使徒的兵器，NERV并不是唯一的一家。另外还有许多研究所对这很感兴趣。日本重化学工业共同体完成了遥控核动力人形兵器"JA",邀请各界参加新闻发布会,NERV派美莉和律子前往。在发布会上，律子对"JA"的安全性提出了质疑，认为在近距离搏斗战中，核动力实在太危险了。"JA"的负责人却以“跟会暴走的像女人一样歇斯底里的EVA比起来，JA已经十分安全了”为理由反驳了律子。
试作会上，第一次动起来的"JA"让众人惊叹不已，可突然间"JA"拒绝接受任何信号，开始向人口集中区走去，内部反应炉压力不断增大。美莉让真治驾驶初号机把自己放在"JA"上，进入它的内部，打算手动关闭反应炉。可操作密码已经被人改了...

第十话 岩浆潜行者
浅间火山口中，发现了还是蛹状的使徒。NERV决定第一次先发制人，进行使徒的捕获作战。作战任务分配给了明日香。虽然火山口内的炽热令明日香苦不堪言，但她还是成功地抓住了那个蛹。在回收中使徒发生了迅速的生长，从蛹中孵化了出来！任务马上变更为消灭使徒，在粒子刀丢失的情况下,明日香想到了之前给真治讲的“热膨胀原理”，击败了使徒。这时，系在二号机D型装备上的回收绳断了，二号机缓缓地向岩浆深处沉去...

第十一话 静止的黑暗中
NERV发生了在理论上不可能的完全停电，好像是为了探明NERV内部结构的人的蓄意破坏。不巧的是，第九使徒在这时出现了！司令碇元渡下令以人力为EVA做出击准备。另一方面，从第三新东京市徒步向NERV总部走来的真治他们，也通过扩音器里的警报得知了使徒来袭。好不容易到达了总部的三人立刻进行出击，使徒想利用强酸溶液侵入总部。明日香想出了联合作战的方案，成功击败了使徒。

第十二话 奇迹的价值是...
一个前所未有的巨大使徒出现在卫星轨道上。因为预测到使徒会整个向NERV总部坠落，美莉在司令元渡不在的情况下，命令三台EVA徒手接住从大气层上空飞落的使徒，但成功率几乎为零。美莉为了安抚三人的情绪，开玩笑般说道等成功后请他们吃排餐。
使徒向地面坠来,三台EVA全力展开A.T.FIELD,成功地创造了奇迹。战斗结束后的晚上，真治得到了父亲在电话中的夸奖。首次受到父亲夸奖的真治，感觉到自己好像找到了登上EVA的理由。

第十三话 使徒、侵入
在虚拟测试中发生了非常事件!使徒第一次侵入了NERV总部,它就是细菌尺寸的使徒伊诺尔.西格马单位一个接一个被污染,使徒以飞快的速度持续进化,终于开始了对MAGI的侵入.律子面对MAGI的三台电脑已有两台被占据的情况,提议促使它的进化,将它引导向进化的终点:自我毁灭。作战在千钧一发的时候成功了。平时从来对自己的私人情况闭口不谈的律子，只有在这一天向美莉提起了自己的母亲。MAGI的三基里，分别移植了律子母亲身为科学家、母亲和女人的人格。

第十四话 SEELE，魂之座
对于伊诺尔对NERV侵入表示怀疑的委员会召开了特别会议，向元渡进行追问。但元渡否定了他们的疑问。NERV总部进行了EVA适格者的机体互换试验。零和初号机的同步没有问题，但是在接下来真治和零号机的试验中，零号机发生了暴走。原因是来自零号机对真治的精神污染。零号机不断殴打着零等人所在的控制室的玻璃。看到这个情景的美莉，不由得怀疑零号机是否要试图杀死零。另一方面，律子确信零号机想要打的一定就是自己。从昏迷中清醒过来的真治注视着天花板。

第十五话 谎言与沉默
加持在京都和联络员接触，他的目的是侦查NERV的附属机关--负责选拔适格者的马尔督克机关的情况。结果发现该机关名下的公司总共有108间，但其中107都是空头公司，这是否意味着适格者的选拔有相当的隐情呢？
第二天，真治和元渡一起去为母亲唯扫墓，明日香为了成全好友光，不情愿地跟陌生男孩约会，而美莉和律子则去参加同事的婚礼。在婚礼结束后，美莉因为喝得大醉，加持送她回家。路上，美莉向加持吐露了自己的心声，自嘲般哭着诉说了自己的虚伪和脆弱。加持用热吻将美莉平静了下来。
第二天，美莉当场逮住了正在进行NERV内部侦查的加持。加持用ID卡打开了最终教条的门，展现在美莉眼前的是巨人LILITH...

第十六话 致死的疾病、然后...
真治在同步率测试中得到了三人中的最好成绩，美莉竖起大拇指称赞他说：“You are NO.1!”
新的使徒出现在第三新东京市上空，受到美莉表扬的真治独断先行，被原本认为是影子的使徒本体吞了进去。
律子经过分析得出了救出初号机的方法：同时向厚度只有千分之一毫米的使徒本体内投放数十颗N2爆雷。这样做不能保证驾驶员的生命，律子告诉美莉现在是以初号机的回收为最优先，驾驶员的生命才是其次。美莉愤怒地给了律子一耳光。
就在爆雷正要投向使徒的时候，初号机从浮在天空的使徒球状影子中冲出。使徒的血四溅，EVA旷野地吼叫着，众目骇然。

第十七话 第四适格者
东治的妹妹还在住院，每周都去探望妹妹三次的东治，在医院里也是出了名的好哥哥。
NERV接到了一个令人震惊的消息：美国内华达州的NERV支部在进行四号机启动试验时随着四号机的爆炸一起消失了，留下直径达81千米的巨型坑。
于是，在美国开发的三号机的启动试验将在日本松代试验场进行。巨型运输机载着三号机从美国飞向日本，途中经过了一片奇怪的积云。
第四适格者已经被选了出来，铃原东治。加持告诉美莉，根本不存在什么马尔督克机关，幕后操纵一切的就是碇司令。
知道自己将操纵EVA的东治，心情变得沉重，放学后，独自在操场上投篮。

第十八话 命运的选择
除了真治和剑介外,其他人都知道了东治被选为第四适格者的事。
光向明日香吐露了自己对东治的感情，明日香大为不解。
三号机启动试验开始了，但刚接通电源，被第十三使徒污染的三号机发生了暴走，零号机和二号机都被三号机打倒在地。见到三号机的真治产生了“这不是EVA吗？”的疑问，拒绝对它进行攻击。
碇元渡下令把初号机改为由DUMMY PLUG控制，初号机开始了恐怖的反击，所有人都目瞪口呆的看着它对三号机的激烈攻击。鲜血洒满了松代试验场。
当真治看到从插入拴中救出来的身负重伤的驾驶员就是东治后，发出了惨叫。

第十九话 男人的战斗
真治驾驶着初号机企图摧毁本部，元渡下令将插入拴中的LCL浓度调至最高，真治被制服。
真治决定不再驾驶EVA，主动离开了第三新东京市。这时，一个拥有前所未有的强大力量的使徒塞路尔展开了进攻。看到明日香的二号机在使徒攻击下失去了双臂，零试图抱着N2爆雷于使徒同归于尽，结果被使徒重伤头部后，真治跑回了总部，请求驾驶EVA出战。
初号机将一直迫近到了发令所的美莉眼前的塞路尔托回了地面，但初号机此时内部电源终了，陷入沉默。塞路尔用飘带状的“手”猛击初号机的胸部，甚至连S2机关都暴露了出来。初号机再启动！以疯狂的行动战胜了使徒，最后竟然开始吞食使徒！

第二十话 心的形态 人的形态
因为同步率达到400%，真治的实体形态消失在插入拴中。此时的插入拴内部充满了类似原始汤（地球形成初期海洋的成分）的液体物质，构成真治肉体和心灵的东西都在这液体中，因此，只能把它们重新组合，才能把真治接回来。
被塞路尔破坏的本部经过一个月的重修，已经基本恢复了之前的状态。重新
“组建”真治的工作开始了，但EVA拒绝接受控制信号。最后，插入栓的舱门突然自行打开，黄色的液体和真治的驾驶服流了出来，美莉抱着驾驶服哭着向律子要真治。过了一会儿，裸身的真治从插入栓中顺着液体流了出来。
了解真治无事后，美莉投向了床上加持的怀抱，加持把一个胶囊给了她。

第二十一话 NERV、诞生
NERV谍报部人员软禁了美莉，他们怀疑加持绑架了副司令冬月耕造。
而此时的冬月出现在SEELE的虚拟会议室里，一座座显示着“SOUND ONLY”的石碑环绕在他周围，是SEELE绑架了冬月以盘问他。
冬月边接受着盘问，边回想起了过去的一切...
“1999年，在大学担任讲师的冬月与他的学生碇唯、以及六分仪元渡（即是后来的碇元渡）的相遇。2000年，第二次冲击爆发，那之后，独自追查第二次冲击真相的冬月和已经成为人工进化研究所所长的元渡相会。碇唯和律子的母亲赤木直子也在那里。当看到研究所地下巨大空间里被称为亚当的巨人之后，冬月大为惊讶。唯在试验中丧生，直子因为掐死小绫波而跳向MAGI自杀，NERV诞生。”
不久，加持救出了冬月，但自己死在不明身份的人枪下。美莉听到加持的留言，知道他已死，泣不成声。

第二十二话 至少像个人
因为在使徒那里尝到了彻底的败北滋味，以及对真治的嫉妒，明日香的同步率不断下降。对于从小就因为遭遇了亲生母亲自杀事件而发誓要一个人顽强的活下去的明日香来说，失败是无法容忍的事情。
卫星轨道上出现了第十五使徒,美莉命令明日香辅助进攻。这是明日香的自尊所不能容忍的。面对独断先行的明日香，使徒发动了精神攻击。这恰恰是对于现在的她而言，破坏力最大的攻击。当敌人探索他的精神波长，窥探到了她年幼时的心灵创伤的时候，明日香失声痛哭。零号机的全力攻击因为距离太远和使徒的A.T.FIELD的缘故并未奏效。元渡决定使用最后的王牌--隆基诺斯之枪。呼啸着的枪体射出大气层，将使徒的A.T.FIELD轻易击穿，但因为速度过快，它成了月亮的一个人造卫星。
受到自己最讨厌的女人的帮助，明日香的自尊彻底崩溃。

第二十三话 泪
第十六使徒阿米沙尔来袭。驾驶零号机出击的零，被使徒侵蚀了身体。初号机因为上次的事件，目前处于冻结中，因此派二号机出击帮助零。但此时的明日香已无法启动二号机，为避免当活靶子，美莉命令马上收回。
眼看零快被使徒完全侵蚀，元渡下令马上解除初号机的冻结，出击。真治驾驶着初号机来到了使徒旁边，使徒瞬间击穿了初号机的武器。使徒已经侵蚀到了零的脸部，零突然觉察到了自己对真治的感情，竟然不自主地流下了泪，“不行，如果我不在的话，就没有A.T.FIELD保护碇君了，所以，不行”自语的零转身启动了自爆装置，自爆发生的前一秒，零转过头，看见了泪光中真治的笑脸。
使徒和第三新东京市随着零号机的自爆消失了。
真治从美莉那儿得知零居然没有死,马上赶到了医院。在那里，他看到了一个跟零一模一样的少女，那是三人目的零。

第二十四话 最后的使者
在化为废墟的第三新东京市，真治遇到了一个少年，渚薰。他是为了代替明日香而作为驾驶员来的第五适格者。真治对薰产生了好感。但他的真实身份却是人形的使徒。薰操纵着二号机向最终教条下降，真治一边深深感到了被背叛的滋味，一边驾驶着初号机追去。
当薰发现最终教条那里的是LILITH而不是ADAM之后，知道自己被SEELE骗了，于是放弃了战斗，让真治把自己杀了。
漫长的沉默后，渚薰消失在初号机手中。

第二十五话 完结的世界
真治因为亲手杀了薰而深感自责。因为他是使徒才杀了他吗？因为薰自己希望死亡才动手的吗？自己是为了什么而搭乘EVA？大家都是在为了他人而战斗吗？各种各样的疑问充斥着真治的内心。
丧失了自尊的明日香封闭起了自己的心灵。
美莉为了活下去而强行忽视年幼时的心灵创伤。她们究竟在希望着什么？零也和自己心中的自己持续讨论着。
元渡前来迎接了这样的她：“今天，你就是为了这个日子而存在的。”
于是，人类的补完开始了。

第二十六话 在世界的中心呼喊爱
心，人类所失去的东西。而取回它的过程，就是所谓的补完。
换一个角度，换一种立场看问题，也许会有相当大的改变。或许是好的改变也说不定。